Premiers pas en bio-informatique

Contenus et points clefs

• Traitement d’un fichier de données de séquences brut (séquençage comparatif de type génotypage par séquençage réalisé par les technologies de séquençage haut débit)
• Analyse comparative de données de séquences, recherche de polymorphismes, caractérisation et exploitation des polymorphismes observés
• Réalisation d’arbres phylogénétiques à partir d’un alignement de séquences biologiques. Notion d’orthologie et paralogie.
• Introduction à l’utilisation de la ligne de commande sous Linux, premières commandes et enchaînements de traitements sous forme de scripts.
• Manipulation de données tabulaires en utilisant la ligne de commande, un tableur, et R
• Ces analyses seront menées à bien en utilisant des machines virtuelles et Linux (aucune expérience préalable nécessaire)

Ces analyses seront menées à bien en utilisant des machines virtuelles et Linux (aucune expérience préalable nécessaire).

A la fin du stage, vous serez capable de

• De raisonner les choix et implications des différentes technologies de séquençage
• D’enchainer de façon pertinente un ensemble de traitements bio-informatiques des données de séquence
• De mobiliser les méthodes et concepts manipulés dans des situations non explorées pendant la formation

• Pré-requis exigés : Connaissance des grands concepts de génétique moléculaire